Generelle Vorteile des MRI sind die freie Wahl der Untersuchungsebene und der sehr hohe Weichteilkontrast, welcher eine Unterscheidung von Faserknorpel (z. Bsp. Meniskus), hyalinem Knorpel (Gelenksknorpel), Sehnen, Bändern, Muskeln, Knochen und Flüssigkeit und auch krankhaftem Gewebe (z.B. Tumorgewebe) erlaubt.

Das MRI ist in der Lage sowohl Flüssigkeit in einem vorbestehenden Hohlraum (Gelenk, Schleimbeutel, Zyste, Ganglion etc.) als auch diffuse Flüssigkeit im Gewebe (Weichteilgewebe oder Knochen) zu entdecken. Dadurch kann schon wenig Ödem oder Hämatom im Gewebe entdeckt werden und Knochenkontusionen (sog. bone bruise) oder verborgene Knochenbrüche (sog. okkulte Frakturen) können erkannt werden.

Je nach Fragestellung und je nach dem zu untersuchenden Gelenk werden beim MRI auch MR-Kontrastmittel (KM) verwendet. Besteht der Verdacht auf eine Entzündung (Infektion oder eine Gelenksentzündung im Rahmen eines rheumatologischen Geschehens) oder auf einen Tumor so ist es meist nötig Kontrastmittel intravenös zu spritzen, um die gesteigerte Durchblutung in und um das Gelenk oder im Tumor zu erkennen. Bei vielen Fragestellungen an der Schulter, der Hüfte oder dem Handgelenk ist es nötig das stark verdünnte MR-Kontrastmittel direkt ins Gelenk zu spritzen (MR-Arthrographie), wobei dies nur mit geringen Schmerzen (vergleichbar mit einer Blutentnahme) einhergeht. Es wird dazu je nach anatomischen Gegebenheiten immer die dünnst mögliche Nadel verwendet.